Das Geschehen spielt mehr als 100 Jahre nach Beyond Divinity. Der Hauptcharakter befindet sich in der prächtigen Welt Rivellon, in der ein Kampf zwischen dem Bösewicht Damian, den Drachen und dem Divine tobt. Allerdings kann der Hauptcharakter sich nicht an die vorher geschehenen Ereignisse erinnern, aufgrund seiner Amnesie.
Eine blonde, weibliche Person erklärt dem Charakter, dass es viel zu tun gebe und er dafür gebraucht werde. Jedoch muss der Charakter eine Bedingung erfüllen: Er muss den Weg zum Drachentöter gehen. Dafür muss er in das Dorf Farglow reisen und seine Ausbildung beginnen. Doch es kommt anders als gedacht, schon nach kurzer Zeit bekommt der Hauptcharakter den Auftrag zusammen mit seinen Lehrmeistern einen aufgetauchten Drachenritter, ein Krieger der sich ein einen Drachen verwandeln kann, zur Strecke zu bringen. Gemeinsam wird der Ritter zwar besiegt, doch kurz vor seinem Tod gehen seine Fähigkeiten auf den Hauptcharakter über, sodass dieser nun zum Gejagten wird.
Dank den Erinnerungen der Drachen erlangt der Charakter nach und nach die verloren gegangenen Erinnerungen wieder. Er versucht im Folgenden herauszufinden, was es mit den Racheplänen Damians auf sich hat und begiebt sich dafür auch in eine Geister-Unterwelt.